Công ty CP thủy sản Hoài Nhơn được thành lập vào tháng 2 năm 1999 trên cơ sở CP hóa doanh nghiệp nhà nước.
Tiền thân của công ty là Trạm hải sản Tam Quan trực thuộc Công ty hải sản Nghĩa Bình được thành lập từ năm 1976.

Công ty CP Thủy Sản Hoài Nhơn là một trong những công ty hoạt động trong lĩnh vực chế biến thủy sản đầu tiên của tỉnh Bình Định, vì vậy công ty đã quy tụ được nhiều cán bộ, công nhân viên có nhiều kinh nghiệm, đội ngũ công nhân có tay nghề cao.
Từ một doanh nghiệp nhà nước chuyên làm dịch vụ hậu cần cho sản xuất nghề cá của huyện với quy mô nhỏ, chỉ sau hơn 10 năm CP hóa, đến nay, Công ty CP thủy sản Hoài Nhơn đã trở thành một công ty kinh doanh đa ngành, đa lĩnh vực với 3 xí nghiệp, 2 khách sạn trực thuộc và 3 Công ty con.